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Haruka Nanase a un amour pour l'eau et une passion pour la natation. À l'école primaire, il a participé à une course de relais avec ses trois amis Rin Matsuoka, Nagisa Hazuki et Makoto Tachibana. Après avoir remporté la victoire au tournoi, les quatre amis se sont séparés. Des années plus tard, ils se réunissent en tant qu'élèves du secondaire ; cependant, Rin ne pouvait pas moins se soucier de revenir à la façon dont les choses étaient auparavant. Non seulement il fréquente une école différente, mais la seule chose importante pour lui est de prouver qu'il est meilleur nageur que Haruka. Après la réunion amère, Haruka, Nagisa et Makoto décident de former le Iwatobi High School Swim Club, mais ils auront besoin d'un quatrième membre s'ils espèrent participer au tournoi à venir. Entrez Rei Ryuugazaki, un ancien membre de l'équipe d'athlétisme que Nagisa recrute. Au fur et à mesure que le temps de la compétition approche, les quatre hommes développent un lien étroit tout en s'entraînant intensément pour se hisser au sommet et régler les choses entre Haruka et Rin une fois pour toutes.