Koukaku Kidoutai: Stand Alone Complex 2nd GIG

Après la clôture de l'affaire "Laughing Man", la section 9 est rétablie par le Premier ministre nouvellement élu du Japon, Youko Kayabuki, afin de combattre la menace persistante du cyber-terrorisme. Un groupe se faisant appeler "The Individual Eleven" a commencé à commettre des actes de terreur à travers le Japon. Alors que Motoko Kusanagi, Daisuke Aramaki, Batou et les autres membres de la section 9 enquêtent sur cette nouvelle menace, le gouvernement japonais fait face à une crise distincte, les réfugiés étrangers déplacés par la troisième guerre mondiale demandant l'asile au Japon. Mais comme les membres de l'équipe des opérations spéciales rencontrent continuellement Gouda Kazundo - un membre éminent du Service de renseignement du Cabinet - dans leur chasse, ils commencent à soupçonner qu'il est peut-être impliqué, et que les événements de la crise des réfugiés et du Onze individuel sont peut-être plus liés qu'ils ne le réalisent...